故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，校长是严肃又寡言(yán )的碇原度（立(lì )木文彦 配音(yīn )）。作为(wéi )校长的儿子，碇真嗣（绪方惠美 配音）感到压力很大。于此同时，来自外国的红发转(zhuǎn )学生明日香（宫村优(yōu )子 配音），分裂成三个、以(yǐ )姐妹的形式出场的凌波丽（林原惠美 配音）都给碇真嗣的学校生活带来了(le )翻天覆地的变化。此外，在原作中高大帅气的初号机，也将以娇小可(kě )爱的形象(xiàng )，作为学院的一份子出(chū )现在动(dòng )画中。　　动画以《新世界福音战士》中的角色为原型，一(yī )改原作沉重严肃的气氛，描述了轻松愉快的校园生活。制作方首次采用了3D的Q版造型，配以实景背景和2D拼接，造就了多元化的绘画风格。